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Kaisers Heinrich II., dieselbe in seinen Besitz brachte, welche That eine Quelle endloser Kämpfe und Streitigkeiten wurde. Helmarshausen war freilich Paderbornscher Besitz geworden, aber die Mönche waren hiermit sehr unzufrieden. Um sich dieses Joches zu entledigen, erwählten sie den mächtigen Erzbischof Engelbert von Köln zu ihrem Schutzherrn, der schon längst den Wunsch hegte, sich an der Weser festzusetzen. Um dort feste Stützpunkte zu haben, erbaute er 2 Burgen, und zwar um die erwähnte Votivkirche herum die Krukenburg (1221) und dann noch eine zweite Burg gegenüber, die noch im Volksmunde Alt-Cöln heisst.

Als im Jahre 1320 Reimbold Abt zu Helmarshausen geworden und hinterher wegen seiner leichtsinnigen Streiche vom Bischof von Paderborn abgesetzt und excommunirt worden war, knüpfte dieser Verbindungen mit dem Erzstifte Mainz an und bat dieses gleichzeitig um Absetzung des von Paderborn neu eingesetzten Abtes Engelhard. Mainz ging auf den Vorschlag des vertriebenen Abtes ein und nahm Besitz von der Stadt und der Krukenburg. Um indessen einem Kampfe zwischen Paderborn und Mainz vorzubeugen, einigte man sich 1338 zu einem friedlichen Vergleiche in Ingelheim. Danach sollte des Klosters Hälfte an Stadt und Burg gleichmässig unter Mainz, Paderborn und das Kloster Heimarshausen getheilt werden. Der vertriebene Abt Reimbold sollte von der Excommunication befreit werden, der Abt Engelhard dagegen in seiner Würde verbleiben. Beide Aebte starben indessen, ehe der Vertrag ausgeführt werden konnte. Der neue Abt Siegfried von Schartenberg unterwarf sich rückhaltlos der Paderbornschen Oberhoheit, Mainz aber trat 1352 sein Sechstel an der Burg nebst Hofgeismar und Schöneberg wieder an Paderborn ab.

Eine bedeutungsvolle Rolle spielte die Krukenburg in der vernichtenden Fehde, die sich 1464 zwischen dem Landgrafen Ludwig II. von Hessen und dem Bischof von Paderborn erhob. Die Hessen unter ihrem Landgrafen und mit ihm 600 Böhmen erstürmten unter schweren Opfern am 24. Juli dieses Jahres die Burg, konnten sie aber nur wenige Wochen behaupten, worauf die Paderborner sich wieder in ihr festsetzten und sie aufs neue befestigten. Spätere Sturmversuche der Hessen auf den Berg blieben erfolglos ; erst am 27. Mai 1471 schlossen der Landgraf und der Bischof Frieden.

Acht Jahre nach diesem Frieden (1479) stellten sich Stift und Stadt unter hessischen Schutz und legten damit den ersten Grund zu dem späteren Uebergang an die hessischen Fürsten, welcher durch die nachfolgende Reformation wesentlich erleichtert wurde. Am 27. Oktober 1540 kam zu Homberg ein Vertrag zwischen dem Abt von Heimarshausen und dem Landgrafen zu Stande, wonach diesem gegen 12,000 Gulden der Antheil des Klosters an der Burg und der Stadt als Pfandschaft übergeben wurde. Der Abt erhielt eine Wohnung zu Cassel und eine lebenslängliche Rente, so dass er seinem Stande gemäss leben konnte. Das Kloster selbst ging ein, und die Mönche zerstreuten sich. Der eigentliche Paderborner Antheil der Burg