Durch Völkels Geschicklichkeit wurden dem Sieger wieder 600 Goldmünzen, die geschnittenen Steine oder Gemmen entzogen. Das Museum wurde im Interesse der Sieger geschlossen, Völkels Aufgabe war es, die Reste der Kunstsammlungen und der Bibliothek vor Beschädigung und Diebstahl zu bewahren. Seine Hoffnungen auf die Hilfe des bekannten Schweizer Historikers Johannes von Müller wurden enttäuscht; denn dieser beendete sein politisch wechselvolles Geschick in Kassel als verabschiedeter Unterrichtsminister von König Jerome. Zu Jerome schreibt Völkel: Fast nie kam Hieronymus ins Museum, als um Veränderungen anzuordnen. Der von ihm umgebaute Ständesaal wurde praktisch nur zwei mal zu leerem Pomp gebraucht. Die dort untergebrachten Bronzekopien antiker Skulpturen wurden 1813 auch noch fortgeschafft. Für Völkel wurde die Figur des "Schleifers" zum Symbol: Jetzt, 1813, ist das Postament des Schleifers leer und der große Scherge Hieronymus hat den Kollegen mitgenommen. Die Nachwelt ist Völkel für seinen Pflichteifer Dank schuldig; denn er war der einzige genaue Kenner der 1807 und 1813 geraubten Schätze, die er katalogisiert hatte. So begrüßte er im September 1813 freudig die als Befreier einrückende russische Vorhut. Leider brachten die Wechselfälle um die Schlacht bei Leipzig 1813 Kassels Kunstschätzen noch viele Verluste, die Franzosen kehrten im September für einige Wochen zurück, unter Völkels Augen wurde noch vieles eingepackt und fortgeschafft, so vor allem die Gemmen.

Der Kurfürst erhob Völkel 1814 zum Oberhofrat und zum Hofbiliothekar in Wilhelmshöhe. Als Zeichen höchster Anerkennung für ihn galt der Auftrag, die entwendeten Kunstschätze aus Paris zurückzuholen. Es gelang ihm denn auch, fast alle Antiken aus dem Louvre wohlerhalten und gepflegt nach Kassel zu bringen. Völkel hatte genaue Aufzeichnungen gemacht, so daß Jacob Grimm 1815 den Rücktransport veranlassen konnte, ohne daß Völkel nochmals nach Paris zu kommen brauchte. Die festlich begrenzten [bekränzten] Wagen wurden Ende 1815 am Frankfurter Tor jubelnd von den Kasselern begrüßt; allerdings waren inzwischen über 40 Gemälde durch die Exkaiserin Josephine in Malmaison an den Zaren Alexander l. von Rußland verkauft worden. Sie befinden sich heute noch in der Eremitage in Leningrad. Die nächsten Jahre waren für ihn noch fruchtbringend, da ihm Jacob und Wilhelm Grimm als zweiter Bibliothekar bzw. als Sekretär zur Seite gestellt wurden. Wilhelm Grimm schreibt darüber, daß er mit dem Oberhofrat Völkel von Anfang an in bestem Einvernehmen stand und dieser niemals anders als kollegialisch gehandelt habe.

Völkel wurde 1821 Direktor des Museums und der Bibliothek, er hatte begonnen, ab 1818 "die antiken Skulpturen im Museum zu Kassel" zu beschreiben, Jakob Grimm sagt in seinem Nachruf: Unter den hessischen unstreitig einer der ersten, nimmt Völkel einen bedeutenden Rang unter den deutschen Gelehrten überhaupt ein. Seine Bescheidenheit bewirkte es vor allem, still und unermüdlich fortzuschreiten und vieles lange reifen zu lassen, was er der Welt einmal mitzuteilen gedachte. Er starb am 31. Januar 1829. Verheiratet war er mit Dorothea Schirmer (1778- 1828), einer Kaufmannstochter aus Hessisch Lichtenau. Seine Tochter Conradine heiratete den Kasseler Oberapellationsgerichtsrat Ferdinand Schotten; mit dessen Familie stand Grimm noch bis an sein Lebensende in Verbindung, wie jüngst wieder aufgefundene Berichte bezeugen. Des großen Nachlasses von Völkel nahm sich der junge, bereits sehr geschätzte Göttinger Archäologe Karl Ottfried Müller (1798 -1840) an, der über Völkel in seinem Handbuch für Archäologie und Kunst 1830 einen genauen Bericht gegeben hat.